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CRESTは国が定める戦略目標の達成に向けて研究総括の運営の下、独創的で国際的に高い水準の目的基礎研究を推進します。今後の科学技術イノベーションに大きく寄与する卓越した成果を創出することを目的とし、研究代表者が複数の共同研究グループを組織し実施するネットワーク型研究です。
　さきがけは国の科学技術政策や社会的・経済的ニーズを踏まえ、国が定めた戦略目標の達成に向けた独創的・挑戦的かつ国際的に高水準の発展が見込まれる先駆的な目的基礎研究を推進します。科学技術イノベーションの源泉となる成果を世界に先駆けて創出することを目的とするネットワーク型研究（個人型)です。研究提案を公募により選考し、研究総括のマネージメントのもと、研究総括・領域アドバイザーの助言を得て、同じ研究領域に集まった様々な機関やバックグラウンドの研究者と交流・触発しながら、個人が独立した研究を推進します。
　ACT-Xは、我が国が直面する重要な課題の克服に向けて、優れた若手研究者を発掘し育成することを目的とします。そのため、研究総括が定めた研究領域運営方針の下、独創的・挑戦的なアイデアをもつ研究者を見出し、科学技術イノベーションにつながる新しい価値の創造を目指した研究を行うことを支援します。研究総括および領域アドバイザーの助言・指導のもと、若手研究者が独自のアイデアからなる研究を進め、研究領域内外の異分野の研究者と相互触発し、研究者ネットワークを形成しながら研究者としての個を確立することを目指します。