日本数学コンクールは愛知、岐阜、三重の３県の大学、高校、中学の先生のボランティア組織を母体として1990年11月に第1回が開かれました。
第1回は499人の高校生、64人の中学生、そして3人の小学生の計566人が集まりました。
その後、夏休みに開催日を移し、名古屋大学の先生方の強力な支援のもとに回を重ねました。
1997年からは高校生を対象とする数学コンクールと、中学生を対象とするジュニア数学コンクールに分けて開催、第1回ジュニアコンクールには854人の中学生、小学生が参加しました。
さらに2000年から論文賞を新設し、大阪会場も開設しました。
2022年度からは名古屋大学から大阪公立大学へと移管して開催しています。